Cumhuriyetin İlanı'ndan sonra Istranca'ya göç eden aynı zamanda Atatürk'ün arkadaşı Nuri CONKER'in de dayısı olan Bekir HOCA'nın girişimi ve Gazi Mustafa Kemal'in emri ile 1932 yılında Binkılıç İlkokulu olarak yapılmıştır. 1969 yılında ek binası yapılarak ortaokul kısmı da açılan okul 1990 yılında Binkılıç İlköğretim Okulu adını almıştır. Ek binası 2005 yılında yıkılarak yenisinin inşa edilmesi sonrası Binkılıç İlköğretim Okulu ek binada eğitim vermeye başlamıştır. Boş kalan binamız eğitim sistemindeki yeni yapılanma doğrultusunda 2012-2013 Eğitim-Öğretim yılında Binkılıç İmam Hatip Ortaokulu olarak hizmete açılmıştır.
7 yıldan bu zamana bulunduğu bölgede yaşayan vatandaşlarımızın ve bölgede bulunan vakıf yurtlarında barınmakta olan ilköğretim çağındaki çocuklarımızın örgün eğitim ihtiyaçlarını karşılamaktadır. Kurulduğu günden bu zamana başarıları yükselen grafikle devam ettirmektedir. İmam Hatip Okullarının tarihten bu yana üstlendiği misyonuna ve vizyonuna uygun olarak eğitim vermeyi sürdürmektedir. Okulumuzun bulunduğu Binkılıç-Atatürk Mahallesi ilçemiz Çatalca'ya 47 km, İlimiz İstanbul'a ise 90 km mesafe uzaklıkta olduğu için okulumuzu tercih eden öğrenciler genelde bölgede ikamet eden vatandaşlarımızın çocuklarından oluşmaktadır.
Okulumuz 8 derslikli bir okul olup bünyesinde 1 Müdür Odası, 1 Müdür Yardımcısı Odası, 1 Öğretmenler Odası, 1 Ders Araç-Gereçleri Odası, 1 Fen Bilgisi Laboratuarı, 1 Bilişim Teknolojileri Sınıfı ve Çok Amaçlı Salon bulunmaktadır.